Tahfizhul Qur’an merupakan kurikulum utama di Ma’had Tahfizhul Qur’an Isy Karima, dimana target capaian hafalan Al Qur’an termasuk syarat utama untuk naik kelas dan kelulusan.  Untuk mendukung hal tersebut, MATIQ Isy Karima menyediakan fasilitas tenaga pengajar yang memiliki sanad Al-Qur’an baik yang berasal dari Asatidzah/Ustadzaat yang dikirim untuk menempuh Sanad Al-Qur’an maupun mengundang masyayikh yang berasal dari luar negeri untuk tinggal di pesantren.

Materi kepondokan Santri diajarkan berbagai materi agama sebagai upaya mempersiapkan generasi penerus bangsa yang memiliki dasar pemahaman dan keyakinan yang kuat.

Materi pelajaran umum mengacu kepada Kurikulum 2013 Kementerian Agama Republik Indonesia pada jenjang Madrasah Aliyah yang ditetapkan dalam Peraturan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Republik Indonesia Nomor 36 Tahun 2018 Tentang Perubahan Atas Peraturan Menteri Pendidikan Dan Kebudayaan Nomor 59 Tahun 2014 Tentang Kurikulum 2013 Sekolah Menengah Atas/Madrasah Aliyah.